La trama de Halo tiene lugar en el siglo XXVI, período donde el jugador asume el rol del Jefe Maestro, un soldado genéticamente mejorado que es acompañado por Cortana, una inteligencia artificial. A lo largo de la historia, el usuario se enfrenta a varios extraterrestres —tanto en enfrentamientos directos de cuerpo a cuerpo como a bordo de vehículos— en su intento por descubrir los secretos de Halo, un mundo artificial con forma de anillo.
El argumento del juego es relatado en el manual de instrucciones, y en los diálogos y narraciones de los personajes, así como algunas escenas. Halo inicia cuando el Pillar of Autumn sale del hiperespacio y llega a una misteriosa estación espacial en forma de anillo llamada «Halo» por el Covenant.22 Una flota Covenant ataca de repente la nave, dañándola seriamente. El capitán Jacob Keyes inicia entonces el «Protocolo Cole»,23 un procedimiento diseñado para prevenir que el Covenant obtenga información sobre la ubicación de la Tierra. Mientras Keyes maniobra la nave para el aterrizaje en el planeta anillo, el Jefe Maestro y Cortana, junto a un grupo de marinos, huyen a través de una «cápsula de escape», la cual se estrella en la superficie del anillo; Cortana y el Jefe son los únicos que sobreviven al impacto de la cápsula.
Keyes sobrevive al aterrizaje forzoso del Autumn, pero es capturado por el Covenant.24 En los niveles segundo y tercero del juego, el Jefe y Cortana se reúnen con algunos supervivientes humanos y rescatan a Keyes, a quien mantienen aprisionado en la nave Truth and Reconciliation del Covenant. Una vez que es rescatado, Keyes le pide al Jefe que derrote al Covenant y acuda al centro de mando de Halo, con el fin de conocer el propósito de dicha estructura.25 Posteriormente, el Jefe y Cortana llegan a una «sala de mapa» —es decir, dónde se localiza un holograma que muestra la estructura en su totalidad— conocido como el «Cartógrafo Silencioso» —aunque también se le conoce como la «Biblioteca»—, que los conduce al cuarto de control.26 Una vez ahí, Cortana accede a los sistemas y descubre algo importante, por lo que manda a Jefe a que encuentre a Keyes, mientras ella se queda en ese sitio.27 Cuando está buscando a su almirante, el Jefe descubre que el Covenant ha liberado accidentalmente a los Flood, una raza extraterrestre de parásitos capaces de expandirse por medio de la infección a otras formas de vida sensibles. Keyes cae víctima de los Flood mientras estaba buscando algunas armas. La liberación de los parásitos hace que la inteligencia artificial de Halo, 343 Guilty Spark, reclute al Jefe Maestro para que recupere el Índice, un dispositivo que activará Halo, previniendo así que los Flood se extiendan más allá de la estructura.
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